Абсолютной защиты от вредоносных программ не существует: от «эксплойтов нулевого дня» наподобие Sasser или Conficker не застрахован никто. Но с помощью некоторых мер можно существенно снизить риск заражения вредоносными программами. Ниже перечислены основные и наиболее эффективные меры для повышения безопасности:

• использовать современные операционные системы, не дающие изменять важные файлы без ведома пользователя;
• своевременно устанавливать обновления;
  • если существует режим автоматического обновления, включить его;
  • для платного ПО: использовать лицензионные копии. Обновления для двоичных файлов иногда конфликтуют со взломщиками;
• помимо антивирусных продуктов, использующих сигнатурные методы поиска вредоносных программ, использовать программное обеспечение, обеспечивающее проактивную защиту от угроз (необходимость использования проактивной защиты обуславливается тем, что сигнатурный антивирус не замечает новые угрозы, ещё не внесенные в антивирусные базы). Однако, его использование требует от пользователя большого опыта и знаний;
• постоянно работать на персональном компьютере исключительно под правами пользователя, а не администратора, что не позволит большинству вредоносных программ инсталлироваться на персональном компьютере и изменить системные настройки. Но это не защитит персональные данные от вредоносных (Trojan-Clicker, Trojan-DDoS, Trojan-Downloader, Trojan-Ransom (шифрующий файлы), Trojan-Spy, Trojan.Keylogger) и потенциально-нежелательных программ (Adware, Hoax) , имеющих доступ к файлам пользователя, к которым ограниченная учетная запись имеет разрешение на запись и чтение (например, домашний каталог — подкаталоги /home в GNU/Linux, Documents and settings в Windows XP, папка «Пользователи» в Windows 7), к любым папкам, в которые разрешена запись и чтение файлов, или интерфейсу пользователя (как программы для создания снимков экрана или изменения раскладки клавиатуры);
• ограничить физический доступ к компьютеру посторонних лиц;
• использовать внешние носители информации только от проверенных источников на рабочем компьютере;
• не открывать компьютерные файлы, полученные от ненадёжных источников, на рабочем компьютере;
• использовать межсетевой экран (аппаратный или программный), контролирующий выход в сеть Интернет с персонального компьютера на основании политик, которые устанавливает сам пользователь;
• Использовать второй компьютер (не для работы) для запуска программ из малонадежных источников, на котором нет ценной информации, представляющей интерес для третьих лиц;
• делать резервное копирование важной информации на внешние носители и отключать их от компьютера.